Einberufung
Papst Johannes XXIII plante von Anfang an ein Konzil, das die Kirche der Gegenwart anpassen sollte. Dies beschrieb er mit dem italienischen Wort „Aggiornamento“ (Heutigwerden). Am 25. Januar 1959 gab er vor 17 Kardinälen im Kapitelsaal der Patriarchalbasilika St. Paul vor den Mauern völlig überraschend bekannt, dass er ein Konzil für die Weltkirche einzuberufen beabsichtige, dessen Ziel die „Erneuerung“, „größere Klarheit im Denken“ und „Stärkung des Bandes der Einheit“ sein solle.

Die Nachricht der Einberufung des Konzils wurde weltweit mit großer Aufmerksamkeit und sogar Enthusiasmus entgegen genommen. Nicht begeistert von den Plänen bzw. der inhaltlichen Vorgabe war dagegen ein Teil der Kurienkardinäle. Diese befürchteten eine Aushöhlung ihrer Position oder auch der kirchlichen Lehre durch die Anpassung an den gerade herrschenden Zeitgeist. Die kuriale Opposition versuchte deswegen, auf die Pläne und Inhalte des Konzils größtmöglichen Einfluss zu nehmen. Da Johannes XXIII. bereits 77 Jahre alt war, spielten sie vor allem auf Zeit. Mit der Apostolischen Konstitution Humanae salutis vom 25. Dezember 1961 erfolgte dann aber die offizielle Einberufung zum Zweiten Vatikanischen Konzil für das Folgejahr.

Das Konzil begann am 11. Oktober 1962. In einer großen Prozession zogen die 2498 Konzilsväter in den Petersdom der Vatikanstadt ein. Interessant dabei war, dass Johannes XXIII. nicht die päpstliche Tiara als Zeichen der Macht trug, sondern eine seiner päpstlichen Mitren, und sich somit als Hirte, und nicht als Herrscher demonstrierte. Auch nutzte er den päpstlichen Tragesessel nur auf dem Petersplatz, um besser gesehen werden zu können. In der Peterskirche ließ er anhalten, stieg herab und ging den Rest zu Fuß. Bischöfe aus 133 Ländern waren anwesend. Das Innere des Petersdoms selbst war zu einer gigantischen Konzilsaula umgebaut worden. Im Mittelschiff fanden sich auf beiden Seiten 90 Meter lange, ansteigende Tribünen, von denen aus debattiert wurde.

Schon die ersten Sitzungen – genannt allgemeine Kongregationen (Zusammenkünfte) – deuteten darauf hin, dass es zu einer Auseinandersetzung zwischen den „Erneuerern“ und „Bewahrern“ kommen musste. Die Kurie wollte das Konzil maßgeblich bestimmen und versuchte, auf die Besetzung der wichtigsten Positionen und auf die Tagesordnung entscheidenden Einfluss zu nehmen. Erste „Nagelprobe“ war dabei die Besetzung der zehn Konzilskommissionen am 13. Oktober 1962.

Die entstandene Dynamik war zunächst noch nicht auf ein klares Ziel ausgerichtet. Auch diese Zielbestimmung hatte der Papst dem Konzil überlassen, das hiermit jedoch zunächst überfordert war. Erst der Erzbischof von Mailand, Kardinal Giovanni Battista Montini, der spätere Papst Paul VI., schlug in einem elfseitigen Brief an den Papst die Konzeption der doppelten Thematik der Kirche ad intra und ad extra vor. Er plädierte nach außen für eine Ausweitung des vom Papst selbst initiierten ökumenischen Dialogs, nach innen für eine Befassung mit dem Wesen der Kirche und ihrer Reform sowie die Einteilung des Konzils in drei Sitzungsperioden. Das Konzil nahm diese bereits vom belgischen Kardinal Leo Josef Suenens unter Bezugnahme auf eine Papstansprache vom 11. September 1962 vorformulierten Gedanken mit großer Zustimmung an, was für das von Ottaviani vertretene Hl. Offizium einen ersten „Machtverlust“ bedeutete. Die Richtung des Konzils war damit vorgegeben.

Das Konzil schloss am 8. Dezember 1965 mit besonderen Botschaften an die Welt, u. a. an die Regierenden, die Arbeiter, die Intellektuellen, die Frauen und die Jugend.

Bereits drei Jahre später, 1968, ging auf dem lateinamerikanischen Kontinent eine neue Sonne auf. Hinter den Kulissen des Konzils in Rom hatte es Bewegungen sehr vieler Bischöfe in Richtung einer "dienenden und armen Kirche" gegeben. Hierfür wurde in der kolumbianischen Stadt Medellin mit der erklärten "Option für die Armen" der Grundstein gelegt. Siehe Katakombenpakt.